Vegetable Res 编委动态 | 华北理工大学宋小明团队搭建国际首个蔬菜等多种植物激素组学数据共享及分析平台
植物激素（Phytohormones）对调控蔬菜等多种作物生长发育和外界胁迫具有非常重要的作用。激素主要有生长素（Auxin，AUX）、乙烯（Ethylene，ETH）、细胞分裂素（Cytokinin，CK)、脱落酸（Abscisic acid，ABA）、赤霉素（Gibberellin，GA）、油菜素甾醇（Brassinosteroids，BRs）、茉莉素（Jasmonate，JA）、独脚金内酯（Strigolactones，SLs）、水杨酸（Salicylic acid，SA）和褪黑素（Melatonin，MT）等十余类。植物激素相关基因涉及多种通路机制，包括生物合成、代谢、感知、信号转导和转运等。迄今为止，还没有一个数据库能够全面展示这些激素在不同蔬菜和植物类群中的分布模式。严重的制约了激素相关基因的比较和功能组学研究。
为了促进蔬菜等多种植物激素通路和机制的全面研究，近日，国际著名期刊iMeta（预估2024年IF >20）在线发表了华北理工大学宋小明教授团队题为“PHGD: An Integrative and User-friendly Database for Plant Hormone Related Genes”的研究论文。
该研究收集整理了已报道的主要激素相关基因，并绘制了激素基因相互作用网络图（图1），为了解激素基因之间的相互作用及调控关系奠定了基础。
利用生物信息学方法对蔬菜等469个高质量的基因组进行了激素相关基因的鉴定及分析。并追溯了11种植物激素相关基因通路的起源与进化节点，展示了11种激素各通路成分的分布情况。最后，基于这些基因数据搭建了蔬菜等植物激素组学数据共享及分析平台（PHGD: http://phgd.bio2db.com/）（图2）。
图2 主要激素基因鉴定分析流程及PHGD数据库平台框架图
PHGD包括来自469个物种的11种植物激素信息，涉及到每种激素的生物合成、代谢、感知、信号转导和转运通路的104个组成部分。并且PHGD还整合了11种激素的功能和相互作用网络。PHGD界面分为8个模块，包括首页（Home）、浏览（Browse）、搜索（Search）、资源（Resources）、下载（Download）、工具（Tools）、帮助（Help）和联系（Contact）界面（图3）。在帮助页面对该数据库平台的使用进行了详细的说明，以帮助用户轻松的使用PHGD数据库进行激素相关研究。
图3 PHGD主要界面概览
综上，该研究第一次大规模收集蔬菜等植物基因组数据并进行激素相关基因的鉴定及分析。所有基因序列和分析结果都可以从PHGD数据库下载使用。该数据库平台的搭建将极大的推进激素的研究进程。希望PHGD为蔬菜等植物激素相关研究人员和育种工作者提供丰富的数据资源和信息分析支持。未来，该数据库将持续关注并更新新解析的蔬菜等植物基因组和相关研究成果。
该项成果也是继团队十字花科等蔬菜组学数据库平台（TBGR：http://www.tbgr.org.cn，Plant physiology, 2022）、蔬菜等植物SSR分子标记数据库平台（PSSRD: http://www.pssrd.info, Horticulture Research，2021）和蔬菜组学数据共享及分析平台（TVIR：http://tvir.bio2db.com，Horticulture Research，2022）之后取得的又一重要成果。团队在蔬菜组学数据库平台搭建和信息分析方面具有丰富的经验，为蔬菜科研和育种工作者提供了丰富的基因资源和便捷的生物信息分析平台。
华北理工大学生命科学学院宋小明教授为通讯作者，硕士研究生冯书燕、刘卓、陈辉龙为共同第一作者。华北理工大学蔬菜作物功能基因学创新研究团队及国内外多家合作单位的教师和学生也参与了该项研究。该工作得到了国家重点研发计划青年科学家项目、河北省杰青项目、国家自然科学基金和河北省自然科学基金等项目的支持。
通讯作者介绍
宋小明，教授，主要研究方向为蔬菜作物功能基因组学及数据库平台搭建，在蔬菜作物重要功能基因挖掘解析及数据共享分析平台搭建方面取得了一系列重要原创性成果。2015年博士毕业于南京农业大学蔬菜学专业，获江苏省百篇优博。2019-2020年赴美国内布拉斯加大学林肯分校访学。2019-2022年在电子科技大学进行博士后研究。发表SCI学术论文100余篇，总引用2900余次，h-index=32。以第一或通讯作者在Cell Reports（经典Cell子刊）、Plant Biotechnology Journal、Journal of Advanced Research、iMeta（预估2024年IF>20）、Plant Physiology、Horticulture Research 和Plant Journal 等国际著名期刊发表SCI论文60余篇。其中，近三年以第一或通讯作者发表中科院一区top论文24篇（5篇IF>10，14篇IF>7）。
担任园艺领域顶刊Horticulture Research 副主编，担任中科院SCI大类一区TOP期刊Horticultural Plant Journal 编委和Journal of Integrative Agriculture 青年编委，任期刊Vegetable Research 和Forestry Research 副主编，任iMeta、Agriculture Communications 期刊青年编委。同时作为Advance Science、Plant Physiology 和Molecular Ecology Resources 等多个SCI杂志审稿专家。近五年主持河北省杰出青年基金、国家重点研发计划-青年科学家项目、国家自然科学基金面上和青年项目、中国博后特别资助、教育厅青年拔尖人才等十余个项目。担任国家自然科学基金项目评审专家。荣获中国科技期刊卓越行动计划选育高水平办刊人才子项目案例奖、荣获河北省自然科学奖二等奖。荣获河北省杰青、河北省燕赵英才和唐山市凤凰青年英才等多项荣誉称号。
论文链接：https://doi.org/10.1002/imt2.164
About Vegetable Research
Vegetable Research 是一本开放获取的期刊，致力于传播蔬菜作物研究进展。欢迎蔬菜研究所有领域的原始研究论文、方法、资源和综述等投稿，主题范围包括（但不限于）遗传、育种、组学、分子生物学、生物技术、与环境和其他生物系统的相互作用以及采收前/后的生产。期刊主编由中国农业大学张小兰教授和法国图卢兹国立理工学院Julien Pirrello博士共同担任。目前期刊已被Scopus、CABI等数据库收录。
期刊官网：
www.maxapress.com/vegres
投稿网址：
mc03.manuscriptcentral.com/vegres
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